שמה של בריכת המגדלים ניתן לה על ידי יוסף בן מתתיהו (יוספוס פלאוויוס), על שם שלושת המגדלים שבנה הורדוס בקרבת מקום (מגדל פצאל, מגדל מרים ומגדל היפיקוס). הבריכה נקראת גם בריכת חזקיהו, שם שניתן לה על ידי צליינים נוצרים.

ככל הנראה התמלאה הבריכה ממים שהגיעו מבריכת ממילא. המים שימשו הן את ארמונותיו של הורדוס וככל הנראה גם את בית המקדש מהתקופה ההרודיאנית. הבריכה שמימיה יבשו לאחר שנותקה מבריכת ממילא, התמלאה לאורך השנים בערימות אשפה, ומבצע ניקוי של עיריית ירושלים לפני מספר שנים, עשה לה מתיחת פנים קלה.